Tratare de responder de la mejor forma posible a cada uno de los puntos que planteas:

1) En principio no. En IIS 6 normalmente no se utiliza IWAN y IIS_WPG es el grupo de administradores donde suele estar IUSR y IWAN, luego con dar permisos a IUSR es suficiente para las carpetas. No obstante en este artículo de Microsoft puedes encontrar más información sobre la correcta configuración de los permisos en IIS 6, http://support.microsoft.com/?id=812614

2) Vale con asignar los permisos en la carpeta donde está el fichero (siempre que se configure como que los objetos hijo tienen que tener exactamente la misma configuración).

3) Lo único que creo que puede pasar es que los ficheros temporales (fichero .ldb en el caso de Access) no puede crearse porque no esten heredando correctamente los permisos. Prueba a asignar en la carpeta padre los permisos e indicar en la configuración avanzada que todos sus objetos hijos deben de heredar los mismos permisos.

Un saludo,
lcflores

También desde que nivel se deben asignar esos permisos, es decir le puedo asignar los permisos exclusivamente a la carpeta donde está el archivo Access o los permisos deben estar desde el comienzo de la ruta? por ejemplo: D:/ejemplo/base/ejemplo.mdb

Ya apliqué los dos puntos anteriores, pero sigue presentándose la excepción con cierta frecuencia. Hay algún aporte para esta situación?